Ulgi we wpłatach na PFRON a kary umowne

Spółka, udzielająca ulg we wpłatach na PFRON, została obciążona karą umowną, za nierzetelne wykonanie umowy. Otrzymała od kontrahenta notę obciążeniową, ze wskazaniem rozliczenia tej noty na poczet należności za wskazaną fakturę: „Należność (kara) zgodnie z paragrafem ......umowy nr.......z dnia....zostanie potrącona z miesięcznej faktury nr.......wystawionej na kwotę...... z dnia.....”. Pozostałą płatność kontrahent uregulował w terminie, nota również była wystawiona i dotarła do Spółki w terminie płatności za fvat. Na podstawie tego dokumentu i płatności kontrahenta Spółka rozliczyła należność za fakturę w całości i terminie. Udzieliła też ulg we wpłatach na PFRON, do tej faktury. Miesiąc po tej sytuacji i rozpoznaniu sprawy Spółka złożyła w sądzie pozew o zapłatę tej potrąconej kwoty (kary). Sprawa trwa. Czy w tej sytuacji firma powinna anulować wystawioną ulgę? Jaki będzie miało wpływ zakończenie pozytywne lub negatywne sprawy sądowej w kontekście wystawienia ulgi?